設置目的及具體目標
目的
睡眠中心為一整合型中心，其目的乃整合包括睡眠健康科學相關之基礎研究、臨床醫學研究、提供睡眠相關產品及睡眠衛生健康檢查服務、發展睡眠相關醫療軟硬體技術及進行產學合作四方向，以提升對睡眠生理病理機轉的了解並提升相關產品的能量。期進一步對人體睡眠，甚至是生活品質提升有幫助。
具體目標
一、基礎研究： 建立人體及動物睡眠研究模式，深入睡眠相關之基礎研究，瞭解睡眠生理病理之機轉，提升研究風氣，提高睡眠相關研究競爭力。
二、 臨床研究： 與醫院各科合作進行相關臨床醫學研究，應用基礎醫學研究之發現，了解並思考解決相關臨床治療之困境，提升與睡眠相關的疾病醫療品質。
三、 社會服務： 提供與促進或改善睡眠相關的研究服務，加強促進或改善睡眠相關產品的檢測，以提升睡眠相關產業品質。
四、 產學合作： 睡眠研究相關技術之整合、睡眠儀器與分析軟體之研發，並與各方產業界進行相關產學合作，進而提升睡眠醫療儀器之應用範圍。
設置之必要性及與現存單位之差異性
必要性
1. 睡眠是日趨受到重視的生理行為，但其生理機轉仍有許多未知。而台灣目前的睡眠研究以已知的疾病診斷與治療為導向，較少有著重於未知的睡眠生理病理的基礎探討。本中心有能力原創技術，更有機會進行此項任務，這便是本中心技術開發與產學合作的必要性。
2. 臨床上除了已知的睡眠障礙外，更有許多疾病或藥物副作用與睡眠品質改變有關，進而加重病情，常見者如高血壓、憂鬱症、精神分裂症、癲癇、阿茲海默症、巴金森氏症及頭痛等，但礙於目前的醫療制度限制而無法深入探討其中可能的病理機轉，造成對疾病治療的限制，實在可惜，如果能進一步釐清睡眠的生理病理機轉將有助於許多已知及未知臨床疾病的發現與治療。本中心有能力進行各種基礎的研究，這便是本中心基礎研究的必要性。
3. 目前臨床的睡眠或腦波相關研究主要以已知的睡眠疾病診斷與治療為主，實際上與睡眠或腦波問題相關的疾病很多，過去礙於檢測工具的不普及，尚有許多未知，睡眠問題引發高血壓即為一例，特定腦波變化與老年癡呆發生有關等，而本中心有強而有力的儀器及技術開發，除了將儀器價位降低許多外 (為原相關儀器的百分之一)，更設計了方便操作及居家使用的可能，將來可以大量使用在臨床疾病篩檢上，甚至是未知疾病檢測上，因而有機會了解臨床上各式睡眠或腦波相關議題。這便是本中心整合技術開發、基礎研究與臨床研究的必要性。
4. 目前各大醫院的睡眠中心一位難求，收費昂貴，並以確認診斷為導向，非以解答病人問題為目標，更無法將檢測提供睡眠相關產業作測試。本中心所原創開發的軟硬體，除了可以使用在基礎及臨床研究上，對於市面上任何有關促進睡眠衛生產品，本中心可以提供支援，對外開放社會服務，協助確認商品是否具有促進睡眠療效。另本中心也開放協助各醫院睡眠中心進行睡眠健康檢測，並幫忙解答睡眠相關問題，也有機會提升全民對睡眠衛生的重視。這便是本中心整合技術開發、基礎研究、臨床研究及對外服務的必要性。
5. 將本中心原創開發的軟體與硬體之技術進行產學合作，睡眠研究將有助於上述四項計畫進行之進度，並可有效推廣至全民，提升全民的睡眠衛生。另腦波等生理訊號檢測更有提升各式疾病照護可能。
6. 以上五點整合基礎、臨床、社會服務及產學合作等工作，在台灣只有陽明大學的睡眠中心做得到，在陽明大學成立睡眠中心有其必要且不可或缺的重要性。
與現存單位之差異性
1. 在基礎研究方面，目前校外的許多研究單位，雖越來越多參與睡眠研究，但多以國外既有技術，進行已知的各種睡眠疾病診斷服務，極少進行睡眠基礎研究。本中心郭博昭教授及楊靜修教授從原創技術到基礎研究，除了建立人體多功能生理檢測外，更建立許多動物模式以進行各式研究，目前已有許多睡眠相關著作發表於國際期刊，此乃其他研究單位所無法達成。
2. 在臨床方面，雖目前各醫院陸續成立睡眠中心，其主要目的診斷睡眠障礙重症病人，但對於研究睡眠生理病理機轉，卻苦於分析工具使用困難，而無法涉足。而本中心不僅原創相關硬體技術，並開發許多分析工具，更可以提供在基礎研究中所發現之生理機轉，進行基礎與臨床研究之整合，有機會解答許多臨床睡眠問題。
3. 目前許多臨床睡眠中心雖已整合了許多科別，但仍以服務為導向而失去了許多病理基轉探討，本中心以基礎為主並招集許多科別醫師參與睡眠及腦波研究，以探究睡眠生理病理為目標的整合研究是本中心所特有。
4. 此外，不論基礎或臨床，目前台灣都沒有一個層面在致力於睡眠醫療相關技術或儀器的改良，更遑論提升睡眠醫療相關技術或儀器之品質。而本中心有能力也有經驗，製作設計價低但質優、微小化多功能生理檢測儀，不但可以提供全民睡眠衛生檢查，進行市面上有關促進睡眠衛生產品之檢測，更可以進一步與廠商產學合作，提升生物科技產業的發展。
中心任務及功能
在基礎研究方面，建立人體睡眠研究模式，研究睡眠相關之生理病理現象，例如「年齡對睡眠之影響」及「月經週期對女性睡眠之影響」。此外建立各種動物研究模式，以深入探討睡眠生理病理之機轉，希望進一步解答在人體研究上的發現，例如「不同週齡之大鼠其睡眠及睡眠相關自主神經之變化」、「小鼠其睡眠及睡眠相關自主神經功能之研究模式建立」及「光亮光暗週期改變對大鼠睡眠所造成之影響」等。希望藉由人體及動物睡眠研究同時並行，可以深入睡眠相關各式主題的研究，解答各式睡眠問題，探討睡眠相關生理病理機轉，進而提升研究風氣，提高研究競爭力。
在臨床研究方面：與醫院各科合作進行相關臨床醫學研究，例如與婦產科合作「雌激素補充療法對更年期婦女睡眠之影響」、與中醫科合作「中醫針灸或電針療法對睡眠之影響」等，應用基礎醫學研究之發現，解決臨床治療之困境，提升睡眠疾病醫療品質。
在社會服務方面：提供與促進或改善睡眠相關的研究服務，例如「提供民眾睡眠衛生健康檢查服務」。或加強促進或改善睡眠相關產品的檢測，例如「能量貼片對睡眠促進之有無」及「空氣中負離子對睡眠品質及自主神經活性相關性之探討」，以提升睡眠相關產業品質。
在產學合作方面：睡眠研究相關技術之整合、睡眠儀器與分析軟體之研發，並與各方產業界進行相關產學合作，進而提升睡眠醫療儀器之應用範圍。
中心運作及管理方式
本中心將鼓勵同仁參與睡眠相關學術與推廣活動，除了發表學術研究論文之外，並且積極參與各項睡眠學術研習及活動，提昇中心學術地位與能見度，建立睡眠研究領域之專業形象，主動爭取國內外可能的委託案，然後依計畫與任務特性，整合跨系、院、校的研究執行團隊，接受政府單位、財團法人委託，或提出整合型研究計畫，向相關單位申請執行經費。
本中心之行政組織，設一中心主任，並分成四個組別，每組都有重複人員並各有一負責人，內設研究人員。
中心主任之職責為對內統整各組研究及行政事務、對外與其他各機關研究及行政事務接洽之代表，並協調各組研究及行政事務，督導各組執行成效。
各小組負責人其職責為協調組內研究及行政事務，督導組內執行成效。
聘任組內人員、執行助理及研究生之職責為執行各項研究及行政事務。
經費來源及使用規劃
本中心之經費來源有校內外申請計畫補助、社會服務委託計畫、產學合作之補助及捐款，於下列詳述。
校內補助：提出睡眠相關研究計畫，向校內申請補助款項。
校外補助：以中心人員提出睡眠相關整合型計畫，向政府單位或財團法人申請執行經費。
社會服務：接受民眾或廠商委託計畫，進行睡眠品質檢查、影響睡眠相關儀器檢測、腦波相關檢測。
產學合作：以本中心人員，向政府相關單位提出產學合作計畫之執行經費，及合作廠商補助之費用。
捐款：接受各方人士之捐款。
預期成果
基礎研究
預期深入研究人體及動物之睡眠生理病理現象，解答睡眠調控機轉。並以下列方式作為成果發表之依據：
一、 發表於國際期刊之論文：每年2篇。
二、 申請校外補助計畫：每年1件。
三、 發表於研討會之口頭或書面報告：每年2篇。
臨床研究
預期與醫院各科合作進行相關臨床醫學研究，應用基礎醫學研究之發現，解決臨床治療之困境，提升睡眠疾病醫療品質。並以下列方式作為成果發表之依據。
一、發表於國際期刊之論文：每年2篇。
二、申請校外補助計畫：每年1件。
三、發表於研討會之口頭或書面報告：每年2篇。
社會服務
預期提供與促進或改善睡眠相關的研究服務，加強促進或改善睡眠相關產品的檢測，以提升睡眠相關產業品質。並以下列方式作為成果發表之依據。
一、睡眠檢測服務案件：每兩年1件。
二、 生理訊號檢測服務案件：每兩年1件。
產學合作
預期致力於睡眠研究相關技術之整合、睡眠儀器與分析軟體之研發，並與各方產業界進行相關產學合作，進而提升睡眠醫療儀器之應用範圍。並以下列方式作為成果發表之依據。
一、專利：每年1件。
二、 技術轉移：每兩年1件。
自我評鑑指標及方式
發表於國際期刊 (SCI) 之論文
每年發表於國際期刊 (SCI) 之論文數量每年至少2篇。
研究計畫數目與金額
每年申請校內外補助計畫至少1件，且每件補助金額大於50萬。
發表於國內外研討會之口頭與書面報告
每年於國內外研討會發表之口頭或書面報告至少2篇。
專利或技術轉移
每叁年於專利或技術轉移之案件數量至少1件。
社會服務案件
每叁年服務案件至少1件。
受邀演講
不規定最低數量，但若有受邀演講則列為評鑑指標之一。
研習會或演講場次與參與人數
不規定最低數量，但若有舉辦研習會或演講則列為評鑑指標之一。